L’Église Unie compte environ 2 800 paroisses, dans toutes les provinces et tous les territoires du Canada.
Les paroisses font partie d’un conseil régional, une entité administrative regroupant les communautés de foi dans une région donnée. Composé de membres laïcs et de membres du personnel ministériel, le conseil régional se réunit pour gérer le travail de l’Église dans une région. L’Église Unie du Canada compte 16 conseils régionaux.
Instance ultime, le Conseil général dirige l’Église Unie. Il se réunit tous les trois ans et ses membres, laïques, pasteurs et pasteures à égalité, sont élus par leurs conseils régionaux respectifs. Entre les réunions triennales du Conseil général, son Exécutif gère les affaires courantes et voit à la mise en œuvre des décisions du Conseil général au cours de son mandat de trois ans. Le Conseil général élit le modérateur ou la modératrice de l’Église pour un mandat non renouvelable de trois ans. La modératrice ou le modérateur est le chef spirituel de l’Église Unie, mais n’a pas de pouvoir de décision, lequel demeure aux mains du Conseil général.
Le Bureau de la vocation gère toutes les questions en matière de ministère et élit les effectifs d’un Conseil de la vocation, qui compte des pasteurs et des pasteures ainsi que des laïques provenant de divers milieux de l’Église. Le Bureau rend des comptes à ce Conseil. Recevant la rétroaction des conseils régionaux, le Conseil établit les normes en matière d’éducation, de formation, d’admission et d’agrément.